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1. 基于图卷积神经网络的串联质谱从头测序
牟长宁, 王海鹏, 周丕宇, 侯鑫行
计算机应用    2021, 41 (9): 2773-2779.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2020111875
摘要399)      PDF (11373KB)(335)    收藏
在蛋白质组学中从头测序是串联质谱肽段测序的重要方法之一,其具有不依赖于蛋白质数据库的优势,并在测定未知物种蛋白序列、单克隆抗体测序等领域中起着关键作用。然而由于从头测序的复杂性,导致其测序的准确率远低于数据库搜索方法,制约了从头测序的广泛应用。针对从头测序准确率低的问题,提出一种基于图卷积神经网络(GCN)的从头测序方法denovo-GCN。该方法将质谱中谱峰之间的关系用图结构表示,并从每个相应的肽碎裂位点提取谱峰特征,然后通过GCN预测当前碎裂位点处的氨基酸类型,最后逐步组成完整的肽序列。通过实验确定了GCN模型的层数、离子类型组合和测序使用的谱峰数量这3个影响模型的重要参数,并将多个物种数据集用于实验对比。实验结果表明,该方法在肽水平上的召回率比基于图论的从头测序方法Novor、pNovo提高了4.0~21.1个百分点,比基于卷积神经网络(CNN)和长短期记忆(LSTM)网络的DeepNovo提高了2.1~10.7个百分点。
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2. 基于多头注意力机制和残差神经网络的肽谱匹配打分算法
闵鑫, 王海鹏, 牟长宁
计算机应用    2020, 40 (6): 1830-1836.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2019101880
摘要394)      PDF (1141KB)(401)    收藏
肽谱匹配打分算法在肽序列鉴定的过程中起着关键性作用,而传统的打分算法无法充分有效地利用肽碎裂规律进行打分。针对这一问题提出了一种结合肽序列信息表征的多分类概率和式打分算法deepScore-α,该算法不需要考虑全局信息进行二次打分,不存在理论质谱与实验质谱相似度计算方法的限制。deepScore-α使用一维残差网络对序列底层信息进行抽取,再通过多头注意力机制融合序列不同肽键位点对当前肽键位点断裂产生的影响从而生成最终的碎片离子相对强度分布概率矩阵,结合肽序列碎片离子的实际相对强度计算出最终的肽谱匹配得分。该算法与常用开源鉴定工具Comet以及MSGF+进行了比较:在人类蛋白组数据集上错误发现率(FDR)为0.01时,deepScore-α保留的肽序列数量提升了约14%,Top1命中率(正确肽序列在得分最高的谱图所占比例)最大提升约5个百分点。使用人类蛋白组数据集训练的模型在ProteomeTools2数据集上进行泛化性能测试,结果表明,在FDR为0.01的条件下deepScore-α保留的肽序列数量提升了约7%,Top1命中率提升了约5个百分点,Top1中来自Decoy库的鉴定结果减少约60%。实验结果证明,deepScore-α在较低FDR值情况下保留更多的肽序列并提升Top1的命中率,且具有较好的泛化性能。
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3. 牛顿-软阈值迭代鲁棒主成分分析算法
王海鹏, 降爱莲, 李鹏翔
计算机应用    2020, 40 (11): 3133-3138.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2020030375
摘要316)      PDF (3222KB)(486)    收藏
针对鲁棒主成分分析(RPCA)问题,为了降低RPCA算法的时间复杂度,提出了牛顿-软阈值迭代(NSTI)算法。首先,使用低秩矩阵的Frobenius范数与稀疏矩阵的 l 1-范数的和来构造NSTI算法的模型;其次,同时使用两种不同的优化方式求解模型的不同部分,即用牛顿法快速计算出低秩矩阵,用软阈值迭代算法快速计算出稀疏矩阵,交替使用这两种方法计算出原数据的低秩矩阵和稀疏矩阵的分解;最后,得到原始数据的低秩特征。在数据规模为5 000×5 000,低秩矩阵的秩为20的情况下,NSTI算法和梯度下降(GD)算法、低秩矩阵拟合(LMaFit)算法相比,时间效率分别提高了24.6%、45.5%。对180帧的视频前景背景进行分离,NSTI耗时3.63 s,时间效率比GD算法、LMaFit算法分别高78.7%、82.1%。图像降噪实验中,NSTI算法耗时0.244 s,所得到的降噪后的图像与原始图像的残差为0.381 3,与GD算法、LMaFit算法相比,时间效率和精确度分别提高了64.3%和45.3%。实验结果证明,NSTI算法能够有效解决RPCA问题并提升RPCA算法的时间效率。
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4. 基于三维模型的Android手机端人脸姿态实时估计系统
王海鹏, 王正良, 许威威, 范然
计算机应用    2015, 35 (8): 2321-2326.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2015.08.2321
摘要923)      PDF (926KB)(462)    收藏

针对人脸姿态估计对系统性能要求高、在手机上运行无法满足实时性要求等问题,实现了一种Android手机端的人脸姿态实时估计系统。首先,由摄像头获得一幅正面和一幅偏移一定角度的人脸图像,利用从运动中构建结构(SfM)算法建立简单三维人脸模型;然后,提取实时人脸图像中与三维人脸模型相互对应的特征点,基于缩放正投影位姿估计(POSIT)算法估计人脸姿态角度;最后将三维人脸模型通过开放图形开发库(OpenGL)实时显示在手机屏幕上。实验结果表明,实时视频中检测人脸姿态并显示的速度可以达到20 frame/s,接近计算机端的基于仿射对应的三维人脸姿态估计算法,而且针对大量图片序列的检测可以达到50 frame/s,能够满足Android手机端的性能和检测人脸姿态的实时性要求。

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5. 基于键鼠事件的疲劳感知
王天本 王海鹏 周兴社 倪红波 林强
计算机应用    2014, 34 (1): 227-231.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2014.01.0227
摘要478)      PDF (747KB)(385)    收藏
长时间持续使用电脑会对人体造成健康危害,针对目前尚无非入侵式电脑使用疲劳度检测的有效方法的现状,提出了一种基于键盘和鼠标事件实时监测的非干扰式手部肌肉疲劳度评估方法。该方法经过按键动作匹配、数据去噪、特征向量提取、分类等处理,分析一段时间内两类按键的时延特性,实现对手部肌肉疲劳程度的评估和监测。利用社交网络,将检测的疲劳状态与好友进行分享,以好友劝导、健康激励的方式促使用户逐渐改变不健康的电脑使用习惯。该方法在15位用户中进行了为期2周的实验,结果验证了所提方法对疲劳度评估的有效性,以及在社交网络平台分享相关健康信息的可行性,并发现按键延迟与手部肌肉疲劳程度成负相关关系。
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6. 基于Transformer和门控循环单元的肽序列理论串联质谱图预测方法
何长久 杨婧涵 周丕宇 边昕烨 吕明明 董迪 付岩 王海鹏
《计算机应用》唯一官方网站    DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2023121846
预出版日期: 2024-04-15